Theo hướng dẫn tại Công văn số 9877/BTC-TCT:
Về nguyên tắc, ưu đãi đầu tư áp dụng cho dự án được căn cứ theo quy định của pháp luật tại thời điểm cấp, điều chỉnh Giấy chứng nhận đầu tư. Tuy nhiên, nếu Dự án đầu tư mở rộng không được triển khai theo đúng tiến độ đã được ghi nhận trong Giấy phép điều chỉnh thì Công ty không được áp dụng ưu đãi thuế TNDN theo quy định của pháp luật tại thời điểm cấp Giấy phép điều chỉnh.
Theo giấy phép điều chỉnh, Dự án đầu tư mở rộng được xây dựng từ năm 2004 đến năm 2006, nhưng thực tế đến tháng 10/2010 mới hoàn thành thì việc ưu đãi về thuế TNDN đối với dự án đầu tư mở rộng phải được thực hiện theo quy định hiện hành, cụ thể:
Doanh nghiệp có dự án đầu tư mở rộng sản xuất đến ngày 31/12/2008 đang đầu tư xây dựng dở dang, trong năm 2009 dự án vẫn tiếp tục quá trình đầu tư xây dựng dở dang và từ năm 2010 trở đi mới hoàn thành đi vào sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp không được ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với phần thu nhập tăng thêm từ dự án đầu tư mở rộng mang lại.
